- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -     
   
 F A S T A p t a m e r   v 1 . 0 . 3 
 
 I f   y o u   u s e ,   a d a p t ,   o r   m o d i f y   F A S T A p t a m e r   p l e a s e   c i t e : 
 K h a l i d   K .   A l a m ,   J o n a t h a n   L .   C h a n g   &   D o n a l d   H .   B u r k e 
 " F A S T A p t a m e r :   A   B i o i n f o r m a t i c   T o o l k i t   f o r   H i g h - T h r o u g h p u t   S e q u e n c e   A n a l y s i s   o f   
 C o m b i n a t o r i a l   S e l e c t i o n s "   M o l e c u l a r   T h e r a p y   -   N u c l e i c   A c i d s .   2 0 1 5 .   
 D O I :   1 0 . 1 0 3 8 / m t n a . 2 0 1 5 . 4 
 
 
 ( C )   2 0 1 4 . 
 
 W e b :   h t t p : / / b u r k e l a b . m i s s o u r i . e d u / 
 E m a i l :   b u r k e l a b @ m i s s o u r i . e d u 
 T w i t t e r :   @ B u r k e L a b R N A 
 
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
 
 I .   I n t r o d u c t i o n 
 I I .   I n s t a l l a t i o n 
 I I I .   F A S T A p t a m e r - C o u n t 
 I V .   F A S T A p t a m e r - C o m p a r e 
 V .   F A S T A p t a m e r - C l u s t e r 
 V I .   F A S T A p t a m e r - E n r i c h 
 V I I .   F A S T A p t a m e r - S e a r c h 
 V I I I .   V e r s i o n   h i s t o r y 
 I X .   L i c e n s e 
 X .   M i s c e l l a n e o u s   
 
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
 
 I .   I n t r o d u c t i o n 
 
 F A S T A p t a m e r   w a s   d e v e l o p e d   t o   a d d r e s s   t h e   a n a l y s i s   n e e d s   o f   h i g h   t h r o u g h p u t   s e q u - 
 e n c i n g   d a t a   f r o m   c o m b i n a t o r i a l   s e l e c t i o n s .   T h e   F A S T A p t a m e r   t o o l k i t   r a p i d l y   c o n v - 
 e r t s   l a r g e   F A S T Q   f i l e s   i n t o   m a n a g e a b l e   F A S T A   f i l e s ,   r a n k s ,   s o r t s ,   a n d   n o r m a l i z e s 
 r e a d   c o u n t s   f o r   e a c h   u n i q u e   s e q u e n c e ,   c o m p a r e s   t w o   p o p u l a t i o n s   f o r   s e q u e n c e   d i s - 
 t r i b u t i o n ,   c a l c u l a t e s   e n r i c h m e n t   f o l d   a c r o s s   t w o   o r   t h r e e   p o p u l a t i o n s ,   c l u s t e r s   
 s e q u e n c e s   a c c o r d i n g   t o   a   u s e r - d e f i n e d   L e v e n s h t e i n   e d i t   d i s t a n c e   a n d   s e a r c h e s   f o r 
 d e g e n e r a t e   s e q u e n c e   m o t i f s .     W h i l e   o r i g i n a l l y   d e v e l o p e d   f o r   a p t a m e r   a n d   r i b o z y m e 
 d i s c o v e r y ,   F A S T A p t a m e r   p r o v i d e s   i n s i g h t   i n t o   p h a g e   d i s p l a y ,   i n   v i v o   m u t a g e n e s i s   
 s e l e c t i o n   a n d   o t h e r   D N A - e n c o d e d   l i b r a r i e s .   T h e   F A S T A p t a m e r   t o o l k i t   c u r r e n t l y   i n - 
 c l u d e s   f i v e   t o o l s ,   F A S T - A p t a m e r - C o u n t ,   F A S T A p t a m e r - C o m p a r e ,   F A S T A p t a m e r - C l u s t e r , 
 F A S T A p t a m e r - E n r i c h ,   a n d   F A S T A p t a m e r - S e a r c h . 
 
 * *   F o r   d e t a i l e d   i n s t r u c t i o n s   o n   i n s t a l l a t i o n   a n d   u s e   o f   t h e   F A S T A p t a m e r   t o o l k i t ,   
 i n c l u d i n g   s a m p l e   s e q u e n c e   d a t a   a n d   s c r e e n s h o t s ,   p l e a s e   s e e   t h e   P D F   u s e r ' s   g u i d e   
 i n c l u d e d   w i t h   t h e   d o w n l o a d .   * * 
 
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
 
 I I .   I n s t a l l a t i o n 
 
 T h e   F A S T A p t a m e r   t o o l k i t   i s   w r i t t e n   i n   P e r l   5   a n d   h a s   n o   e x t e r n a l   d e p e n d e n c i e s .     
 I t   s h o u l d   o p e r a t e   o n   a n y   m o d e r n   U n i x - l i k e   s y s t e m   ( i n c l u d i n g   L i n u x   a n d   M a c   O S   X ) 
 a n d   h a s   b e e n   t e s t e d   u s i n g   C e n t O S   L i n u x   5 . 4 ,   M a c   O S   X   1 0 . 5 + ,   a n d   D e b i a n   G N U / L i n u - 
 x   7 . 0 .   F A S T A p t a m e r   s h o u l d   a l s o   b e   a b l e   t o   r u n   o n   a   M i c r o s o f t   W i n d o w s   p l a t f o r m   p - 
 r o v i d e d   t h a t   a   P e r l   i n t e r p r e t e r   h a s   b e e n   i n s t a l l e d ,   s u c h   a s   A c t i v e S t a t e   P e r l   o r   
 S t r a w b e r r y   P e r l .     
 
 F A S T A p t a m e r   c a n   b e   u s e d   b y   i n s t a l l i n g   o r   b y   s a v i n g   t h e   f i l e s   t o   a n   a c c e s s i b l e   d - 
 i r e c t o r y   a n d   e x e c u t i n g   t h e   P e r l   i n t e r p r e t e r   o n   e a c h   s c r i p t   a s   n e e d e d . 
 
 I n s t a l l a t i o n   a n d   u s e   o f   t h e   F A S T A p t a m e r   t o o l k i t   a s s u m e s   a   b a s i c   w o r k i n g   k n o w l e d - 
 g e   o f   c o m m a n d   l i n e   o p e r a t i o n .     F A S T A p t a m e r   i s   c u r r e n t l y   p r o v i d e d   a s   a   c o l l e c t i o n 
 o f   s c r i p t s ,   a f t e r   d o w n l o a d i n g   t h e   s c r i p t s   t h e r e   i s   o n e   m a i n   t a s k   t o   c o m p l e t e   t h e 
  i n s t a l l a t i o n    p r o c e s s   - -   s a v i n g   t h e   s c r i p t s   i n   a n   e x e c u t a b l e   d i r e c t o r y . 
 
 T h e   s c r i p t s   s h o u l d   b e   s a v e d   i n   a   d i r e c t o r y   w h e r e   e x e c u t a b l e   p r o g r a m s   a r e   f o u n d   
 ( k n o w n   a s   t h e    p a t h   v a r i a b l e    a n d   t y p i c a l l y   / b i n ,   / u s r / b i n ,   o r   / u s r / l o c a l / b i n ) . 
 
 T o   f i n d   t h e s e   d i r e c t o r i e s ,   e n t e r   t h e   f o l l o w i n g   o n   t h e   c o m m a n d   l i n e   o n   y o u r   s h e l l 
 p r o m p t . 
 
         e c h o   $ P A T H 
 
 T h i s   s h o u l d   l i s t   t h e   d i r e c t o r i e s   ( s e p a r a t e d   b y   c o l o n s )   y o u r   s y s t e m   u s e s   t o   s e a r - 
 c h   f o r   e x e c u t a b l e   p r o g r a m s .     Y o u   m a y   n o t   h a v e   p e r m i s s i o n   t o   m o d i f y   s o m e   o f   t h e s e 
 f o l d e r s ,   b u t   y o u   s h o u l d   b e   a b l e   t o   m o v e   t h e   F A S T A p t a m e r   f i l e s   f r o m   t h e i r   c u r r e n t   
 l o c a t i o n   i n t o   o n e   o f   t h e s e   d i r e c t o r i e s   u s i n g   t h e   m o v e   ( m v )   o r   c o p y   ( c p )   c o m m a n d .   
 
 O n c e   t h e   s c r i p t s   a r e   i n   a n   e x e c u t a b l e   d i r e c t o r y   a n d   h a v e   t h e   a p p r o p r i a t e   p e r m i s - 
 s i o n   t o   e x e c u t e ,   t h e   F A S T A p t a m e r   t o o l k i t   s h o u l d   b e   r e a d y   f o r   u s e . 
 
 A l t e r n a t e l y ,   i f   y o u ' r e   h a v i n g   t r o u b l e   a c c e s s i n g   y o u r   P A T H   d i r e c t o r i e s ,   y o u   c a n   
 u s e   F A S T A p t a m e r   w i t h o u t   i n s t a l l a t i o n .     F o r   d e t a i l s   o n   t h i s   p r o c e s s ,   r e f e r   t o   t h e 
 P D F   u s e r ' s   g u i d e   i n c l u d e d   w i t h   t h e   d o w n l o a d . 
 
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
 
 I I I .   F A S T A p t a m e r - C o u n t 
 
 F A S T A p t a m e r - C o u n t   s e r v e s   a s   t h e   g a t e w a y   t o   t h e   F A S T A p t a m e r   s u i t e   o f   b i o i n f o r m a t - 
 i c s   t o o l s .     F A S T A p t a m e r - C o u n t   w i l l   a c c e p t   a   F A S T Q   i n p u t   f i l e   ( t h e   d e   f a c t o   N G S / 
 H T S   f i l e   f o r m a t ) .     I d e a l l y ,   t h e   d a t a   s h o u l d   b e   t r i m m e d   t o   r e m o v e   a n y   c o n s t a n t   r - 
 e g i o n s   a n d   f i l t e r e d   t o   i n c l u d e   o n l y   t h e   h i g h - q u a l i t y   r e a d s .   F A S T A p t a m e r - C o u n t   n - 
 o n - d e s t r u c t i v e l y   o u t p u t s   a   s o r t e d   a n d   n o n - r e d u n d a n t   F A S T A   f o r m a t t e d   f i l e   i n   w h i - 
 c h   e a c h   u n i q u e   s e q u e n c e   g e n e r a t e s   a   F A S T A   e n t r y   w i t h   t h e   f o l l o w i n g   i n f o r m a t i o n   
 i n   t h e   d e s c r i p t i o n   l i n e   o f   e a c h   s e q u e n c e   e n t r y : 
 
 	 > R A N K - R E A D S - R P M 
 
 W h e r e   R A N K   i s   t h e   r e l a t i v e   a b u n d a n c e   o f   t h e   s e q u e n c e   w i t h i n   t h e   p o p u l a t i o n .   I n   
 c a s e s   w h e r e   t w o   o r   m o r e   s e q u e n c e s   a r e   s a m p l e d   w i t h   e q u a l   a b u n d a n c e ,   F A S T A p t a m e r - 
 C o u n t   f o l l o w s   s t a n d a r d   c o m p e t i t i o n   r a n k i n g   ( e . g . ,    1 - 2 - 2 - 4    w h e r e   t w o   s e q u e n c e s   
 a r e   t i e d   f o r   s e c o n d ) .     R E A D S   i s   t h e   r a w   n u m b e r   o f   t i m e s   a   s e q u e n c e   w a s   c o u n t e d .   
 R P M   i s    R e a d s   p e r   m i l l i o n ,    w h i c h   i s   a   n o r m a l i z e d   v a l u e   t h a t   a l l o w s   f o r   c o m p a r i - 
 s o n   a c r o s s   p o p u l a t i o n s   o f   v a r y i n g   r e a d   d e p t h .   R P M   i s   c a l c u l a t e d   a s :   
 
 	 R P M   =   ( R E A D S / ( p o p u l a t i o n   s i z e ) )   x   1 0 ^ 6 . 
 
 I n   a d d i t i o n   t o   g e n e r a t i n g   a   F A S T A   o u t p u t   f i l e ,   F A S T A p t a m e r - C o u n t   w i l l   d i s p l a y   a   
 s u m m a r y   r e p o r t   o n   t h e   s c r e e n   ( S T D O U T )   t h a t   i n c l u d e s   t h e   n u m b e r   o f   t o t a l   r e a d s   f - 
 o u n d   i n   t h e   i n p u t   f i l e ,   t h e   n u m b e r   o f   u n i q u e   s e q u e n c e s ,   t h e   f i l e   i n p u t / o u t p u t   n - 
 a m e s   a n d   t h e   p r o g r a m   e x e c u t i o n   t i m e .   T h e     s u m m a r y   r e p o r t   c a n   b e   s u p p r e s s e d   b y   i - 
 n c l u d i n g   t h e   o p t i o n a l   f l a g   [ - q ]   o n   t h e   c o m m a n d   l i n e .     
 
 U s a g e :   f a s t a p t a m e r _ c o u n t   [ - h ]   [ - q ]   [ - v ]   [ - i   I N F I L E ]   [ - o   O U T F I L E ]   
         [ - h ]                         =   H e l p   s c r e e n . 
         [ - q ]                         =   S u p p r e s s   S T D O U T   o f   r u n   r e p o r t . 
         [ - v ]                         =   D i s p l a y   v e r s i o n . 
         [ - i   I N F I L E ]           =   F A S T Q   i n p u t   f i l e .   R E Q U I R E D . 
         [ - o   O U T F I L E ]         =   F A S T A   o u t p u t   f i l e .   R E Q U I R E D . 
         
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
 
 I V .   F A S T A p t a m e r - C o m p a r e 
 
 F A S T A p t a m e r - C o m p a r e   f a c i l i t a t e s   s t a t i s t i c a l   a n a l y s i s   o f   t w o   p o p u l a t i o n s   b y   r a p i - 
 d l y   g e n e r a t i n g   a   t a b - d e l i m i t e d   o u t p u t   f i l e   t h a t   l i s t s   e a c h   u n i q u e   s e q u e n c e   a l o n g 
 w i t h   R P M   ( r e a d s   p e r   m i l l i o n )   i n   e a c h   p o p u l a t i o n   f i l e   ( i f   a v a i l a b l e )   a n d   l o g ( 2 )   
 o f   t h e   r a t i o   o f   t h e i r   R P M   v a l u e s   i n   e a c h   p o p u l a t i o n .   
 
 R P M   d a t a   f o r   b o t h   p o p u l a t i o n s   c a n   b e   u t i l i z e d   t o   g e n e r a t e   a n   X Y - s c a t t e r   p l o t   o f   
 s e q u e n c e   d i s t r i b u t i o n   a c r o s s   t w o   p o p u l a t i o n s .     F A S T A p t a m e r - C o m p a r e   a l s o   f a c i l i t - 
 a t e s   t h e   g e n e r a t i o n   o f   a   h i s t o g r a m   o f   t h e   s e q u e n c e   d i s t r i b u t i o n   b y   c r e a t i n g   1 0 2   
 b i n s   f o r   t h e   l o g ( 2 )   v a l u e s .     T h i s   h i s t o g r a m   c a n   p r o v i d e   a   q u i c k   v i s u a l   c o m p a r i s - 
 o n   o f   t h e   t w o   p o p u l a t i o n s :   d i s t r i b u t i o n s   c e n t e r e d   a r o u n d   0   i n d i c a t e   s i m i l a r   p o p - 
 u l a t i o n s ,   w h i l e   d i s t r i b u t i o n s   s h i f t e d   t o   t h e   l e f t   o r   r i g h t   i n d i c a t e   o v e r a l l   e n r - 
 i c h m e n t   o r   d e p l e t i o n . 
 
 I n p u t   f o r   F A S T A p t a m e r - C o m p a r e   M U S T   c o m e   f r o m   F A S T A p t a m e r - C o u n t   o u t p u t   f i l e s . 
 
 U s a g e :   f a s t a p t a m e r _ c o m p a r e   [ - h ]   [ - x   I N F I L E ]   [ - y   I N F I L E ]   [ - o   O U T F I L E ]   [ - q ]   [ - a ] 
                                                       [ - v ] 
         [ - h ]                         =   H e l p   s c r e e n . 
         [ - x   I N F I L E ]           =   I n p u t   f i l e   ( f r o m   F A S T A p t a m e r - C o u n t ) .   R E Q U I R E D . 
         [ - y   I N F I L E ]           =   I n p u t   f i l e   ( f r o m   F A S T A p t a m e r - C o u n t ) .   R E Q U I R E D . 
         [ - o   O U T F I L E ]         =   P l a i n   t e x t   o u t p u t   f i l e   w i t h   t a b   s e p a r a t e d   v a l u e s .   R E Q U I R E D 
         [ - q ]                         =   Q u i e t   m o d e .     S u p p r e s s e s   s t a n d a r d   o u t p u t   o f   f i l e   I / O   
                                             a n d   e x e c u t i o n   t i m e . 
         [ - a ]                         =   O u t p u t   a l l   s e q u e n c e s ,   i n c l u d i n g   t h o s e   p r e s e n t   i n   o n l y 
                                             o n e   i n p u t   f i l e .     D e f a u l t   b e h a v i o r   s u p p r e s s e s   o u t p u t   
                                             o f   s e q u e n c e s   w i t h o u t   a   m a t c h . 
         [ - v ]                         =   D i s p l a y   v e r s i o n . 
                                             
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
 
 V .   F A S T A p t a m e r - C l u s t e r   
 
 F A S T A p t a m e r - C l u s t e r   u s e s   t h e   L e v e n s h t e i n   a l g o r i t h m   t o   c l u s t e r   t o g e t h e r   s e q u e n c e s 
 b a s e d   o n   a   u s e r - d e f i n e d   e d i t   d i s t a n c e .     T h e   m o s t   a b u n d a n t   a n d   u n c l u s t e r e d   s e q u e - 
 n c e   i s   u s e d   a s   t h e   " s e e d   s e q u e n c e "   f o r   w h i c h   e d i t   d i s t a n c e   i s   c a l c u l a t e d   f r o m .     
 O u t p u t   i s   F A S T A   w i t h   t h e   f o l l o w i n g   i n f o r m a t i o n   o n   t h e   i d e n t i f i e r   l i n e   o f   e a c h   
 s e q u e n c e   e n t r y : 
 
         > R a n k - R e a d s - R P M - C l u s t e r # - R a n k W i t h i n C l u s t e r - E d i t D i s t a n c e F r o m S e e d 
         S E Q U E N C E 
 
 T o   p r e v e n t   c l u s t e r i n g   o f   s e q u e n c e s   n o t   h i g h l y   s a m p l e d   ( a n d   i m p r o v e   e x e c u t i o n   t i - 
 m e ) ,   i n v o k e   t h e   r e a d   f i l t e r   [ - f ]   a n d   e n t e r   a   n u m b e r .     O n l y   s e q u e n c e s   w i t h   t o t a l   
 r e a d s   g r e a t e r   t h a n   t h e   n u m b e r   e n t e r e d   w i l l   b e   c l u s t e r e d .   
 
 T o   l i m i t   t h e   n u m b e r   o f   c l u s t e r s   t o   t h e   m o s t   y o u   w o u l d   b e   i n t e r e s t e d   i n   ( a n d   i m p - 
 r o v e   e x e c u t i o n   t i m e ) ,   u s e   t h e   m a x i m u m   c l u s t e r s   o p t i o n   [ - c ] . 
 
 I n p u t   f o r   F A S T A p t a m e r - C l u s t e r   M U S T   c o m e   f r o m   F A S T A p t a m e r - C o u n t   o u t p u t   f i l e s .   
 
 P L E A S E   N O T E :   T h i s   i s   a   c o m p u t a t i o n a l l y   i n t e n s e   p r o g r a m   t h a t   c a n   t a k e   m u l t i p l e   h - 
 o u r s   t o   f i n i s h ,   d e p e n d i n g   o n   t h e   s i z e   a n d   c o m p l e x i t y   o f   y o u r   p o p u l a t i o n .   
 
 U s a g e :   f a s t a p t a m e r _ c l u s t e r   [ - h ]   [ - i   I N F I L E ]   [ - o   O U T F I L E ]   [ - d ]   [ - f ]   [ - q ]   [ - v ] 
         [ - h ]                         =   H e l p   s c r e e n . 
         [ - i   I N F I L E ]           =   I n p u t   f i l e   f r o m   f a s t a p t a m e r _ c o u n t .   R E Q U I R E D . 
         [ - o   O U T F I L E ]         =   O u t p u t   f i l e ,   F A S T A   f o r m a t .   R E Q U I R E D . 
         [ - d ]                         =   E d i t   d i s t a n c e   f o r   c l u s t e r i n g   s e q u e n c e s .   R E Q U I R E D . 
         [ - f ]                         =   R e a d   f i l t e r .   O n l y   s e q u e n c e s   w i t h   t o t a l   r e a d s   g r e a t e r   t h a n 
                                           t h e   v a l u e   s u p p l i e d   w i l l   b e   c l u s t e r e d . 
         [ - c ]                         =   M a x i m u m   n u m b e r   o f   c l u s t e r s   t o   f i n d . 
         [ - q ]                         =   Q u i e t   m o d e .     S u p p r e s s e s   s t a n d a r d   o u t p u t   o f   f i l e   I / O ,   n u m b - 
                                             e r   o f   c l u s t e r s ,   c l u s t e r   s i z e   a n d   e x e c u t i o n   t i m e . 
         [ - v ]                         =   D i s p l a y   v e r s i o n . 
                                             
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
 
 V I .   F A S T A p t a m e r - E n r i c h 
 
 F A S T A p t a m e r - E n r i c h   r a p i d l y   c a l c u l a t e s   " f o l d - e n r i c h m e n t "   v a l u e s   f o r   e a c h   s e q u e n c e 
 a c r o s s   t w o   o r   t h r e e   i n p u t   f i l e s .     O u t p u t   i s   p r o v i d e d   a s   a   t a b - d e l i m i t e d   p l a i n   t - 
 e x t   f i l e   a n d   i s   f o r m a t t e d   t o   i n c l u d e   s e q u e n c e   c o m p o s i t i o n ,   l e n g t h ,   r a n k ,   r e a d s ,   
 r e a d s   p e r   m i l l i o n   ( R P M ) ,   a n d   e n r i c h m e n t   v a l u e s   f o r   e a c h   s e q u e n c e .   I f   a n y   f i l e s   
 f r o m   F A S T A p t a m e r - C l u s t e r   a r e   p r o v i d e d ,   o u t p u t   w i l l   i n c l u d e   c l u s t e r   i n f o r m a t i o n   
 f o r   t h a t   p o p u l a t i o n .   A   t h r e s h o l d   f i l t e r   c a n   b e   a p p l i e d   t o   e x c l u d e   s e q u e n c e s   w i t h 
 t o t a l   r e a d s   p e r   m i l l i o n   ( a c r o s s   a l l   i n p u t   p o p u l a t i o n s )   l e s s   t h a n   t h e   n u m b e r   e n t - 
 e r e d   a f t e r   t h e   [ - f ]   o p t i o n .     D e f a u l t   b e h a v i o r   i s   t o   i n c l u d e   a l l   s e q u e n c e s .   E n r i - 
 c h m e n t   i s   c a l c u l a t e d   b y   d i v i d i n g   r e a d s   p e r   m i l l i o n   o f   y / x   ( a n d   z / y   a n d   z / x ,   i f   a   
 t h i r d   i n p u t   f i l e   i s   s p e c i f i e d ) . 
 
 I n p u t   f o r   F A S T A p t a m e r - E n r i c h   M U S T   c o m e   f r o m   F A S T A p t a m e r - C o u n t   o r   F A S T A p t a m e r - 
 C l u s t e r   o u t p u t   f i l e s . 
 
 U s a g e :   f a s t a p t a m e r _ e n r i c h   [ - h ]   [ - x   I N F I L E ]   [ - y   I N F I L E ]   [ - z   I N F I L E ]   [ - o   O U T F I L E ]   
                                                     [ - f   # ]   [ - q ]   [ - v ] 
         [ - h ]                         =   H e l p   s c r e e n . 
         [ - x   I N F I L E ]           =   F i r s t   i n p u t   f i l e   f r o m   F A S T A p t a m e r - C o u n t   o r   
                                             F A S T A p t a m e r - C l u s t e r .   R E Q U I R E D . 
         [ - y   I N F I L E ]           =   S e c o n d   i n p u t   f i l e   f r o m   F A S T A p t a m e r - C o u n t   o r   
                                             F A S T A p t a m e r - C l u s t e r .   R E Q U I R E D .   
                                             * * *   F o r   t w o   p o p u l a t i o n s   o n l y ,   u s e   - x   a n d   - y .   * * * 
         [ - z   I N F I L E ]           =   O p t i o n a l   t h i r d   i n p u t   f i l e   f r o m   F A S T A p t a m e r - C o u n t   o r   
         	 	 	 	     F A S T A p t a m e r - C l u s t e r . 
         [ - o   O U T F I L E ]         =   P l a i n   t e x t   o u t p u t   f i l e   w i t h   t a b   s e p a r a t e d   v a l u e s .   R E Q U I R E D 
         [ - f ]                         =   O p t i o n a l   r e a d s   p e r   m i l l i o n   t h r e s h o l d   f i l t e r .     
         [ - q ]                         =   Q u i e t   m o d e .     S u p p r e s s e s   s t a n d a r d   o u t p u t   o f   f i l e   I / O ,   
                                             n u m b e r   o f   m a t c h e d   s e q u e n c e s   a n d   e x e c u t i o n   t i m e . 
         [ - v ]                         =   D i s p l a y   v e r s i o n . 
                                             
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
 
 V I I .   F A S T A p t a m e r - S e a r c h 
 
 F A S T A p t a m e r - S e a r c h   a l l o w s   u s e r s   t o   s e a r c h   f o r   s p e c i f i c   p a t t e r n s   w i t h i n   o n e   o r   m - 
 o r e   s e q u e n c e   f i l e s . 
 
 T o   s e a r c h   t h r o u g h   m o r e   t h a n   o n e   i n p u t   f i l e ,   s i m p l y   u s e   t h e   [ - i ]   f l a g   m u l t i p l e   t - 
 i m e s .   A l l   i n p u t   f i l e s   m u s t   u s e   F A S T A   f o r m a t . 
 
 S i m i l a r l y ,   t o   s e a r c h   f o r   m u l t i p l e   p a t t e r n s   s i m u l t a n e o u s l y ,   u s e   t h e   [ - p ]   f l a g   a s   
 m a n y   t i m e s   a s   n e e d e d .   W h e n   s e a r c h i n g   f o r   m u l t i p l e   p a t t e r n s ,   n o t e   t h a t   p a r t i a l   m - 
 a t c h e s   a r e   n o t   r e t u r n e d .   F o r   e x a m p l e ,   e n t e r i n g   t h e   f o l l o w i n g   c o m m a n d : 
 
         f a s t a p t a m e r _ s e a r c h   - i   F I L E 1   - i   F I L E 2   - p   A T T G C C   - p   T G G C A T 
 
 w o u l d   s e a r c h   F I L E 1   a n d   F I L E 2   f o r   s e q u e n c e s   c o n t a i n i n g   b o t h   A T T G C C   a n d   T G G C A T . 
 
 P a t t e r n s   a n d   i n p u t   s e q u e n c e   d a t a   a r e   c a s e   i n s e n s i t i v e ,   a n d   T / U   a r e   i n t e r c h a n g e a - 
 b l e .   I n   a d d i t i o n   t o   s i n g l e   b a s e s ,   p a t t e r n s   c a n   i n c l u d e   a n y   o f   t h e   d e g e n e r a t e   b a - 
 s e   s y m b o l s   f r o m   I U P A C - I U B M B   n u c l e i c   a c i d   n o t a t i o n : 
 
         A / T / G / C / U         s i n g l e   b a s e s 
 
         R         p u R i n e s   ( A / G ) 
         Y         p Y r i m i d i n e s   ( C / T ) 
         W         W e a k   ( A / T ) 
         S         S t r o n g   ( G / C ) 
         M         a M i n o   ( A / C ) 
         K         K e t o   ( G / T ) 
 
         B         n o t   A 
         D         n o t   C 
         H         n o t   G 
         V         n o t   T 
 
         N         a N y   b a s e   ( n o t   a   g a p ) 
 
 F o r   g r e a t e r   v i s i b i l i t y ,   p a t t e r n   m a t c h e s   c a n   b e   h i g h l i g h t e d   b y   p a r e n t h e s e s   i n   t h e 
 o u t p u t   b y   c a l l i n g   t h e   [ - h i g h l i g h t ]   f l a g . 
 
 A   s u m m a r y   r e p o r t   i s   g e n e r a t e d   a f t e r   e a c h   f i l e ' s   s e a r c h   r e s u l t s   a n d   a f t e r   s e a r c h   
 c o m p l e t i o n .   T o   s u p p r e s s   t h e s e   r e p o r t s ,   e n a b l e   q u i e t   m o d e   u s i n g   t h e   [ - q u i e t ]   f l a g 
 
 U s a g e :   f a s t a p t a m e r _ s e a r c h   [ - i   I N F I L E ]   [ - o   O U T F I L E ]   [ - p   P A T T E R N ]   [ - v ] 
         [ - h e l p ]                         	 =   S h o w   h e l p   s c r e e n   a n d   e x i t . 
         [ - i   F I L E N A M E ]           	 =   I n p u t   f i l e n a m e ;   c a n   b e   u s e d   m u l t i p l e   t i m e s . 
         [ - p   P A T T E R N ]                 =   S e q u e n c e   p a t t e r n   t o   s e a r c h   f o r ;   c a n   b e   u s e d 
                                                     m u l t i p l e   t i m e s . 
         [ - o   F I L E N A M E ]       	 =   O u t p u t   f i l e   f o r   s e a r c h   r e s u l t s .   
                                                     I f   n o n e   g i v e n ,   o u t p u t   g o e s   t o   S T D O U T .   
         [ - h i g h l i g h t ]                 =   " H i g h l i g h t "   m a t c h e d   p o r t i o n   i n   p a r e n t h e s e s . 
         [ - q u i e t ]                         =   S u p p r e s s   s u m m a r y   r e p o r t . 
         [ - v ]                                 =   D i s p l a y   v e r s i o n . 
 
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
 
 V I I I .   V e r s i o n   H i s t o r y 
 
 V e r s i o n   1 . 0 . 3   -   R e l e a s e d   M a r c h   3 r d ,   2 0 1 5 . 
 A d d e d   m a x i m u m   n u m b e r   o f   c l u s t e r s   o p t i o n   [ - c ]   t o   f a s t a p t a m e r _ c l u s t e r . 
 
 V e r s i o n   1 . 0 . 2   -   R e l e a s e d   J a n u a r y   2 1 s t ,   2 0 1 5 .   
 A d d e d   F A S T A p t a m e r   c i t a t i o n   a n d   l i c e n s e   i n f o r m a t i o n   t o   a l l   s c r i p t s .     I m p r o v e m e n t s 
 t o   r e a d a b i l i t y   a n d   c o n s i s t e n c y   o f   c o d e   a n d   S T D O U T   s u m m a r y   r e p o r t s . 
 
 V e r s i o n   1 . 0 . 1   -   R e l e a s e d   D e c e m b e r   2 4 t h ,   2 0 1 4 .   
 A d d e d   v e r s i o n   o p t i o n   [ - v ]   t o   a l l   s c r i p t s .   U p d a t e d   h e l p   s c r e e n s .   F A S T A p t a m e r - C l u - 
 s t e r ' s   R P M   f i l t e r   [ - f ]   i s   n o w   a   m o r e   i n t u i t i v e   r e a d   f i l t e r . 
 
 V e r s i o n   1 . 0   -   R e l e a s e d   A u g u s t   3 1 s t ,   2 0 1 4 .   
 A d d e d   F A S T A p t a m e r - S e a r c h .     U p d a t e d   F A S T A p t a m e r - C l u s t e r   a n d   F A S T A p t a m e r - E n r i c h   t o 
 i n c l u d e   R P M   f i l t e r s .   B u i l t   i n   c l u s t e r   a u t o - d e t e c t   t o   F A S T A p t a m e r - E n r i c h   a n d   s u b - 
 s e q u e n t l y   r e m o v e d   F A S T A p t a m e r - C l u s t e r _ e n r i c h   f r o m   t o o l k i t .   I n c l u d e d   u s e r ' s   g u i d e 
 a s   a   P D F   b u n d l e d   w i t h   t h e   d o w n l o a d .   S a m p l e   d a t a   m a d e   a v a i l a b l e . 
 
 V e r s i o n   0 . 2 . 2   -   R e l e a s e d   M a y   5 t h ,   2 0 1 4 .     F i x e d   a   f o r m a t t i n g   e r r o r   i n   F A S T A p t a m e r 
 - C l u s t e r _ e n r i c h   i n   w h i c h   s e q u e n c e s   p r e s e n t   o n l y   i n   p o p u l a t i o n   x   h a d   t h e i r   i n f o r - 
 m a t i o n   s p l i t   a c r o s s   t w o   l i n e s .   
 
 V e r s i o n   0 . 2 . 1   -   R e l e a s e d   A p r i l   2 9 t h ,   2 0 1 4 .     
 F i x e d   f o r m a t t i n g   i s s u e   w i t h   F A S T A p t a m e r - C l u s t e r _ e n r i c h   w h e r e   e n r i c h m e n t   v a l u e   o f 
 ( y / x )   a p p e a r e d   u n d e r   c o l u m n   f o r   c l u s t e r   ( z )   w h e n   t h r e e   p o p u l a t i o n s   a r e   u s e d . 
 
 V e r s i o n   0 . 2   -   R e l e a s e d   A p r i l   2 7 t h ,   2 0 1 4 .     
 A d d e d   F A S T A p t a m e r - C l u s t e r   a n d   F A S T A p t a m e r - C l u s t e r _ e n r i c h .     R E A D M E   d o c u m e n t   u p d a - 
 t e d .     L i c e n s e   i n c l u d e d . 
 
 V e r s i o n   0 . 1      i n i t i a l    b e t a .      R e l e a s e d   A p r i l   1 1 t h ,   2 0 1 4 . 
 
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
 
 I X .   L i c e n s e 
 
 F A S T A p t a m e r   i s   d i s t r i b u t e d   u n d e r   t h e   G N U   G e n e r a l   P u b l i c   L i c e n s e   v e r s i o n   3 . 
 S e e   f i l e    L I C E N S E . t x t    f o r   m o r e   i n f o r m a t i o n   a n d   c o m p l e t e   l i c e n s e . 
 
 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 
 
 X .   M i s c e l l a n e o u s 
 
 F o r   h e l p ,   c o m m e n t s ,   c r i t i c i s m ,   e r r o r   r e p o r t i n g ,   e t c .   p l e a s e   c o n t a c t   
 b u r k e l a b @ m i s s o u r i . e d u .     I f   y o u  r e   o n   T w i t t e r ,   r e a c h   o u t   t o   u s   @ B u r k e L a b R N A   o r   c - 
 o n t a c t   t h e   p r i m a r y   a u t h o r   o f   t h e   t o o l k i t ,   K h a l i d   K .   A l a m   @ B i o c h e m P h D . 
 
 " F o r k "   d e v e l o p m e n t   o f   F A S T A p t a m e r   o n   G i t H u b . 
 h t t p : / / g i t h u b . c o m / F A S T A p t a m e r / F A S T A p t a m e r 
 
 F u n d i n g   f o r   t h i s   w o r k   w a s   p r o v i d e d   b y   N S F   [ C H E - 1 0 5 7 5 0 6 ]   ( C h e m i s t r y   o f   L i f e   P r o c - 
 e s s e s )   &   N A S A   [ N A G 5 - 1 2 3 6 0 ]   ( N A S A   E x o b i o l o g y   P r o g r a m ) . 
 